Das "Let's Encrypt"-Zertifikat hast du dann vermutlich auf deinem eigenen Server, auf den nur CloudFlare zugreift.
Klar, ich würde niemals ein Zertifikat direkt über Cloudflare verwalten wollen. Alleine schon im Hinblick auf die Tatsache das Cloudflare mittlerweile sehr sehr schnell auf Abuse Sachen reagiert.