Hatte mal ein ähnliches Problem.

Check mal den /var/log/apache2/error.log .Steht da:
Code:
[warn] mod_fcgid: read data timeout in 40 seconds
[error] [client XXX.XXX.XXX.XXX] Premature end of script headers: index.php, referer: www.example.com/dir
Dann läuft PHP über fcgi. In /etc/apache2/mods-enabled/fcgid.conf solltest du das FcgidIOTimeout erhöhen:
Code:
<IfModule mod_fcgid.c>
   FcgidIOTimeout  7200
</IfModule>
Hab die Antwort hier abgezockt.