Hab keine Ahnung von den Programmen, die du da benutzt.
Hast du den Befehl mal ohne Python nachgestellt während du im Verzeichnis bist aus dem heraus das Script diese Aufrufe macht?
Könnte mir nämlich vorstellen, dass es eventuell ein Problem mit den relativen Pfaden ist.

Spontan fällt mir nur auf, dass das Meta-File auf "ts/S02E08.ts" verweist und sich im TS Ordner befindet. Abhängig davon, wie relative Pfade an dieser Stelle gehandhabt werden könnte ich mir auch vorstellen, dass dass dann auf "ts/ts/S02E08.ts" herausläuft (oder ähnliches).