Also ich arbeite bisher immer mit MySQL Workbench, weil sich damit vieles umsetzen lässt. Ob man damit jetzt queries builden kann, weiß ich nicht.

In manchen Fällen nehme ich auch noch HeidiSQL, z.B. beim Export und Import von Daten. Lässt sich über SSH Tunnel dazu bewegen eine lokale Verbindung mit dem Server aufzubauen