Bei WireGuard kannst du definieren, welcher traffic durch den Tunnel geroutet werden soll und welcher nicht.
Die IP-Adresse des Servers ändert sich in keinem Fall. Die IP des Clients, also in diesem Beispiel deinem PC, ändert sich auch nur, wenn du den gesamten Traffic über den VPS routest.
Das braucht man aber eigentlich nicht, wenn es nur darum geht auf einzelne Anwendungen innerhalb des VPS zuzugreifen. Vermutlich läuft dein Service unter einem bestimmten Port?

Bekommt der Service lokal auf dem VPS auch eine interne IP?
Wenn ja, dann kannst du einfach nur den Zugriff auf diese interne IP in der WireGuard config erlauben, damit ermöglichst du dann allen Client die sich mit deinem VPS Verbinden einzig auf diesen Service zu connecten.

Wenn du mir noch ein bisschen mehr verrätst, was du genau erreichen möchtest, kann ich dir vielleicht sogar noch detailliertere Tipps geben.